En 2017 et 2018, nous avons échantillonné environ 20 sites dans la baie de Frobisher, principalement dans les parties les plus profondes de l'extérieur de la baie de Frobisher, qui ne sont accessibles que pour l'échantillonnage à partir de grands navires. Les stations d'échantillonnage ont été choisies pour couvrir la plage de valeurs de profondeur et de pente figurant dans l'ensemble de données du sonar multifaisceaux et, en 2018, l'échantillonnage incluait également la morphologie brute du fond, telle que les crêtes et les creux. Nous avons également ciblé certaines caractéristiques géomorphologiques particulières, telles que des extensions sous-marines présumées de moraines. En 2017, des échantillons de fond ont été prélevés à l'aide de carottes et de petits chaluts scientifiques (chalut Agassiz). En 2018, les échantillons du fond ont été prélevés à l'aide de boîtiers combinés à une caméra vidéo. Des chaluts Agassiz ont été collectés dans deux stations en 2018.
Les échantillons de sédiments ont été décrits visuellement et les sous-échantillons ont été congelés pour l'analyse de la granulométrie et de la teneur en matières organiques. Lorsque cela était instructif, des sous-échantillons de fragments lithiques présents dans les sédiments ont été conservés à des fins de cartographie.
Des échantillons de faune de fond ont été dénombrés et conservés dans du formol à 2 % dans de l'eau de mer, à l'exception des échantillons de faune plus gros tels que les coraux mous, qui ont été congelés.