Prélèvement d'échantillons : L'échantillonnage faisait partie de l'étude CASES (Canadian Arctic Shelf Exchange Study) dans le cadre de laquelle le NGCC Amundsen a été gelé dans la baie de Franklin, sur la côte de la mer de Beaufort (station FB/200) en hiver. Les communautés de plancton microbien des couches supérieures de la couche mixte ont été échantillonnées à 5 m sous la surface de l'eau à l'aide du système de rosette CTD du navire équipé de 12 L Niskins en eau libre. Pendant la période où le navire a été gelé dans la baie de Franklin, de décembre 2003 au début de juin 2004, des échantillons ont été prélevés à l'aide d'une bouteille Niskin de 5 L à 3 m sous le fond de la glace à travers un trou de 300 mm qui avait été foré à 500 m en amont du navire. Analyse des pigments par HPLC : des échantillons d'eau d'un à deux litres ont été filtrés sur des filtres Whatman GF/F et conservés congelés à -80 °C jusqu'à l'analyse. Les pigments de phytoplancton présents sur les GF/F ont été extraits dans 3 ml de MeOH à 95 % et 100 µL des extraits ont été injectés dans une HPLC Varian ProStar équipée d'une colonne Symmetry C8. Les pics HPLC ont été détectés par spectroscopie à matrice de diodes (350-750 nm) et des chromatogrammes d'absorbance ont été obtenus à 440 (pour les chls) et 450 nm (pour les caroténoïdes). Les chlorophylles ont également été détectées par fluorescence (excitation : 440 nm ; émission : 650 nm). Le protocole de solvant HPLC était basé sur une dilution en gradient avec deux mélanges de solvants (Zapata et al. 2000) : une solution de méthanol, d'acétonitrile et de pyridine aqueuse (50:25:25 v:v:v) ; et une solution de méthanol, d'acétonitrile et d'acétone (20:60:20 v:v). Le débit était de 1 mL/ min et le temps d'équilibrage était de 7 min.
