Des échantillons ont été prélevés sur deux sites de l'est de l'Arctique canadien (Figure 1) à bord du brise-glace scientifique CCGS Amundsen. Les positions d'échantillonnage dans les habitats biogéniques et non biogéniques ont été définies lors de relevés vidéo ROV sur les deux sites (Figure 2a-d). Les positions ont été soigneusement sélectionnées pour éviter le chevauchement entre les deux types d'habitats (c'est-à-dire lorsque la majeure partie du champ de vision de la caméra était dominée par un seul habitat sur une distance d'environ 5 mètres). Sur chaque site, nous avons déployé deux carottes (0,5 × 0,5 m) par habitat (c'est-à-dire à l'intérieur des structures biogéniques et dans les sédiments nus ; Figure 2e) à environ 200 m l'une de l'autre sur le site FB et à 500 m l'une de l'autre sur le site BB. À partir de chaque carotte, nous avons prélevé trois carottes de sédiments (i.d = 9,8 cm, H = 30 cm) pour un total de six carottes par habitat et 12 carottes par site. Les carottes de sédiments prélevées dans des habitats de structures biogéniques ont été visuellement exemptées des structures biogéniques. La température du fond (10 m au-dessus du fond marin), la salinité et la saturation en oxygène sur chaque site ont été enregistrées à l'aide d'une sonde conductivité-température-profondeur (CTD). Les carottes de sédiments ont été incubées dans l'obscurité dans une pièce à température contrôlée (2-4 °C) jusqu'à ce qu'un maximum de 20 % de l'oxygène disponible soit consommé.
Des échantillons de sédiments pour la chlorophylle a, les phéopigments et les propriétés des sédiments ont également été prélevés dans le cœur de chaque boîte. Les carottes de sédiments ont été tamisées à l'aide d'un tamis à mailles de 500 µm pour recueillir la faune. Les organismes ont été fixés avec une solution de formaldéhyde à 4 %. Ils ont été triés au microscope à dissection en laboratoire et identifiés au niveau taxonomique le plus bas possible.
